ظهر پنج‌شنبه روز مهمی در تاریخ سودان خواهد بود زیرا ارتش با فشار مردم مجبور به کنار زدن دیکتاتور شد. ظرف یک روز بعد یعنی جمعه‌شب فرمانده نظامیان هم که از نزدیکان البشیر بود با فشار معترضان مجبور به کناره‌گیری شد. معترضان او را یکی از اقمار و وفاداران رژیم تلقی می‌کردند. معترضان فریاد می‌زدند: «دزد را جانشین دزد نخواهیم کرد.» روز شنبه هم اعلام شد که رئیس سازمان اطلاعات سودان «صلاح عبدالله قوش» استعفا کرد. «جوزف گلدشتاین» و «دکلان والش» در گزارش ۱۳ آوریل برای نیویورک‌تایمز نوشتند که «قوش» یکی از چهره‌های ترسناک امنیتی بود که پس از البشیر دومین فرد قدرتمند در سودان شناخته می‌شد. خروج قوش از قدرت یک پیروزی دیگر برای معترضان بود زیرا آنها در اصل خواستار انحلال این سازمان بودند. «گلدشتاین- والش» می‌نویسند که معلوم نیست آیا استعفای قوش با فشار معترضان بوده یا دلیل آن رقابت میان روسای امنیتی رقیب و ژنرال‌های نظامی در تشکیلات به هم ریخته نظامی- امنیتی پس از سقوط البشیر است. شورای نظامی وعده داده که در نهایت قدرت را به دولتی غیرنظامی منتقل کند. معترضان از این می‌ترسند که تشکیلات امنیتی بکوشد تا درخواست‌ها برای گذار به دموکراسی و دولت غیرنظامی را پشت گوش اندازد. با این حال، به نظر می‌رسد گذار به دوران پسا البشیر آغاز شده باشد. برآیند گزارش‌ها حاکی از این است که مقدمات این گذار با مذاکرات میان مخالفان و شورای نظامی به ریاست عبدالفتاح البرهان آغاز شده است.

اگرچه اختلاف میان طرفین هست اما نفس برگزاری مذاکرات یک گام به جلو است. بیشتر اختلافات حول تعیین شاخص‌های گذار سیاسی و‌ نقش نظامیان کودتاگر علیه عمر البشیر است. مخالفان می‌گویند شورای نظامی انتقالی هیچ اختیاراتی جز حمایت از گذار سیاسی دموکراتیک نباید داشته باشد. شورای نظامی به‌دنبال مرحله گذار دو ساله است اما رهبران معترضان مدت زمان ۴ ساله را پیشنهاد می‌دهند. با این حال، برکناری قوش این تصور را ایجاد کرده که مخالفان یک گام دیگر به پیروزی نزدیک شده‌اند و به همین دلیل بر خواسته‌های خود پافشاری می‌کنند. عبدالفتاح البرهان روز شنبه متعهد شد، دولت مدنی را با مشورت گروه‌های سیاسی تشکیل دهد. وی خاطرنشان کرد: «نظامیان اصرار دارند وزارت دفاع و کشور را در دولت انتقالی در دست داشته باشند.» این ژنرال سودانی همچنین وعده داد، موسسات کشور را بازسازی کرده و به مبارزه با فساد پرداخته و تمام چهره‌های دولتی که در فساد و در قتل معترضان دست داشته‌اند،‌ مواخذه کند.ائتلاف «آزادی و تغییر» در بیانیه‌ای اعلام کرد مواضع رئیس جدید شورای نظامی شامل هیچ‌یک از خواسته‌های مخالفان نیست. این ائتلاف بر هفت خواسته خود تاکید کرد و افزود: «گام اول در براندازی نظام البشیر باید با واگذاری فوری و بدون پیش‌شرط قدرت به یک دولت مدنی باشد که مرحله گذار را برای چهار سال اداره کند و ماموریت گذار را ائتلاف آزادی و تغییر و اسنادی تکمیلی آن مشخص می‌کند.» این ائتلاف بازداشت تمام فرماندهان سازمان امنیت و اطلاعات و تحویل آنها به دادگاه‌های عادلانه طبق قانون‌اساسی و نیز احیای سازمان امنیت و اطلاعات را خواستار شد. این ائتلاف همچنین خواستار بازداشت فرماندهان سازمان‌های نظامی و شبه‌نظامیان متهم به ارتکاب جرائم در دارفور، جبال النوبه و جنوب نیل آبی شد. از دیگر خواسته‌های این ائتلاف آزادی تمام زندانیان سیاسی و نظامیان از جمله افسران حامی انقلاب و مردم است. ائتلاف آزادی و تغییر بر لزوم انحلال تمام دستگاه‌ها و سازمان‌های نظامی و بازداشت فوری افسران متهم به جرائم قتل و فساد مالی و محاکمه آنها تاکید کرد و اعلام فوری لغو تمامی قوانین محدود‌کننده آزادی‌ها را خواستار شد. به نوشته گزارشگران نیویورک‌تایمز، شورای نظامی روز شنبه اعلام کرد که مقررات منع رفت و آمد را لغو کرده است «هرچند تا حد زیادی معترضان را نادیده گرفته است.» گروه‌های پزشکی می‌گویند: ده‌ها نفر از مردم در اعتراضات اخیر در سودان به‌دست مقام‌های امنیتی از جمله سازمان اطلاعات کشته شده‌اند. گروه‌های حقوق بشری می‌گویند شکنجه یکی از روش‌های شایع در مراکز بازداشتی و تادیبی سازمان اطلاعات بود. به گفته آنها قوش یکی از معماران بحران دارفور در دهه ۲۰۰۰ بود که ۳۰۰ هزار کشته بر جای گذاشت. در خارطوم، پایتخت سودان، هم ترس از سازمان امنیت به شدت وجود دارد و این سازمان را به‌خاطر زندان‌های دور از دسترسی و شکنجه‌گاه‌هایی که در آن مردم برای ماه‌ها ناپدید می‌شدند «خانه ارواح» می‌نامند. عفو بین‌الملل در گزارشی از شکنجه‌ها و قربانیان شکنجه‌های سازمان اطلاعات می‌نویسد. پزشکی که مقاله‌ای انتقادی از دولت سودان نوشته بود می‌گفت از سوی افسران این سازمان دستگیر شد. او به شدت با یک کابل برق مورد ضرب و شتم قرار گرفته و تهدید شد که مادرش هم دستگیر و مورد تجاوز قرار خواهد گرفت. این پزشک سپس می‌گوید او را به پشت روی زمین خواباندند و مایعی سبزرنگ با استفاده از سرنگ به اندام‌های جنسی او تزریق کردند. از دیگر شکنجه‌های سازمان اطلاعات سودان به نقل از عفو بین‌الملل شوک الکتریکی، پرتاب زندانیان با دست و پای بسته به درون گودال‌هایی عمیق و اجبار زنان به نوشیدن آب تا سر حد بیهوشی است. «ناهید گابرالا»، یک فعال حقوق بشر سودانی، در مصاحبه‌ای تلفنی می‌گوید: «صلاح قوش مهم‌ترین جنایتکار رژیم است.» او می‌گوید شواهدی نیست که نشان دهد قوش به‌دست عدالت سپرده خواهد شد: «به او فرصتی برای فرار از عدالت و پاسخگویی داده می‌شود.»

گزارشگران نیویورک‌تایمز بر این باورند که خروج ناگهانی قوش از قدرت تقویت‌کننده این ظن است که یک کشمکش قدرت شدید درون حلقه قدرتمند روسای نهادهای امنیتی در جریان است. آنها می‌نویسند: البشیر در دوران زمامداری ۳۰ ساله‌اش قدرت را در میان طیفی از فرماندهان نظامی، نهادهای شبه‌نظامی و جناح‌های قومی تقسیم کرد تا عملیات رسوایی‌آور در دارفور را به سرانجام برسانند. وقتی تظاهرات شروع شد، بسیاری از کارشناسان در مورد نبرد بی‌ثبات‌ساز برای برتری میان فرماندهان این گروه‌ها هشدار دادند. یکی از چهره‌های مهم و قابل توجه ژنرال «محمد حمدان» است که فرمانده «نیروهای واکنش سریع» است که روزگاری عضو جونجویدهایی بود که در دارفور عملیات نظامی انجام داده بود و اکنون به درجه ژنرالی رسیده است.