امام باقر(ع) از فرصتى که بر اثر رویارویى بنى‌عباس با بنى‌امیه پیش آمده بود استفاده کردند و به تشکیل حوزه علمیه و تربیت شاگرد پرداختند تا جایی که کارى عمیق و فرهنگى را پایه‌گذارى کردند که بعدها فرزندشان امام صادق(ع) با حدود چهار هزار شاگرد آن را توسعه دادند. امام باقر(ع) شاگردان برجسته‌اى مانند: محمد بن مسلم، زراره، ابوبصیر، جابر بن یزید جعفى، ابان بن تغلب‌ حمران بن اعین، سدیر صیرفى‌ ابوصباح کنانى، عبدالله بن ابى یعفور و دیگران را تربیت کردند که هر کدام فقیهى بزرگ، محدثى سترگ و عارفى دل‌آگاه و مرجعى ربانى شدند و نقش به‌سزایى در گسترش اسلام ناب و فرهنگ تشیع داشتند.

امام محمدباقر علیه السلام با تأسیس اوّلین دانشگاه اهل بیت علیهم السلام، شاگردان و اصحاب بسیاری را تربیت کرد و صدها فارغ التّحصیل در موضوع های گوناگون به جامعه معرفی کرد.

همزمان با شب میلاد امام محمدباقر (ع) و حلول ماه رجب، نقاره‏‌های حرم مطهر رضوی به صدا درآمد و طنین نوای شورانگیز آن، زائران و مجاوران بارگاه منور رضوی در مشهدالرضا(ع) را غرق شادی کرد.

نوشتاری از آیت الله شهید سید محمدباقر صدر از کتاب «امامان اهل بیت» درباره امام محمدباقر (ع)