سابقه تاسیس صندوق نوآوری و شکوفایی ریاست‌جمهوری به تصویب قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان در سال ۱۳۸۹ بازمی‌گردد. این قانون که حمایت‌ها و مشوق‌های متنوعی از معافیت مالیاتی گرفته تا تامین اجتماعی و گمرکی را برای شرکت‌های دانش‌بنیان تدارک دید، ایجاد صندوقی به عنوان متولی تامین مالی شرکت‌های دانش‌بنیان با سرمایه اولیه سه هزار میلیارد تومان را نیز پیش‌بینی کرد. این‌گونه بود که صندوق نوآوری و شکوفایی به عنوان یک نهاد عمومی غیردولتی شکل گرفت که رئیس هیات امنای آن را رئیس‌جمهور و اعضای هیات امنای آن را جمعی از وزرا و روسای دستگاه‌های اجرایی مرتبط تشکیل می‌دهند.