جواد فکوری پس از انقلاب ۱۳۵۷، مجدداً به خدمت نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران درآمد و با شروع جنگ ایران و عراق به عنوان یکی از طراحان عملیاتهای نیروی هوایی ایران به کار خود ادامه داد. جواد فکوری در طراحی عملیات کمان ۹۹ و عملیات اچ-۳ و عملیات اوسیراک شرکت داشت.