پرونده اساتید حق‌التدریس مشکلات زیادی را نمایان کرد؛ به گونه‌ای که هر برگ از این پرونده‌ها نشانی از یک بی‌عدالتی یا قانونی اعمال نشده است که بعضا خبر از وجود رشته‌های یکبار پذیرش و مشکل عدم همراهی وزارت با غیرانتفاعی‌ها می‌داد.