با وجود دستاورد‌های قابل توجه قانون تمرکز در بخش کشاورزی، دولت در تلاش برای انتقال اختیارات بازرگانی از وزارت جهاد کشاورزی به وزارت صمت است. واردات افسارگسیخته محصولات نهایی حوزه کشاورزی و تضعیف پیوسته کشاورزی از این طریق توسط وزارت بازرگانی، تنها یکی از بحران‌های کشور تا پیش از سال ۹۱ بود.

نقض قانون تمرکز وظایف و اختیارات مربوط به بخش کشاورزی در وزارت جهاد کشاورزی توسط دولت باعث شده است تا ۳۶ نفر از نمایندگان مجلس از معاون اول رئیس جمهور شکایت کنند، شکایتی که اگر به نتیجه برسد، موجب ورود قوه قضائیه به این پرونده می‌شود.