با رئیس‌جمهور‌ شدن بنی‌صدر، ارتباط او با مسعود رجوی و شماری از اعضای سازمان منافقین نیز گسترده‌تر شد و بنی‌صدر عملا به پلی تبدیل شد برای نفوذ اعضای این سازمان به بدنه دولت و نهاد‌ها تا حدی که عناصر منافقین در نهایت توانستند دفتر رئیس‌جمهور را در آن دوران در اختیار خود بگیرند.