پیشنهاد راه‌اندازی شعبه دوم موزه ملی ایران در طبقه زیرین یکی از صحن‌های مرقد امام‌خمینی (ره) و همچنین جابه‌جایی اشیای این موزه برای نمایش در محل جدید و ایجاد مخزن امن موزه‌ای در فضای ۲۵ هزار متر مربعی پیشنهاد شده در نشست سیدحسن خمینی فرزند یادگار امام راحل (ره) و علی‌اصغر مونسان وزیر میراث‌فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی با واکنش‌های بسیار مواجه شد.

آن طور که صدای میراث می‌گوید، شعبه دوم موزه ملی ایران با هزینه ۲۵۰ میلیارد تومان در زیرزمین حرم بنیان گذار انقلاب راه اندازی شده و پیش از این حسن خمینی، نوه امام‌خمینی با علی‌اصغر مونسان، وزیر میراث‌فرهنگی و گردشگری، در این زمینه توافق کرده‌اند.

تولیت ‏حرم امام خمینی(ره) در تلاش است تا آرامگاه بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران را تبدیل به مقصد ‏گردشگری نموده و به نظر می‌رسد دیدار سیدحسن خمینی با وزیر میراث فرهنگی نیز با همین هدف صورت ‏گرفته است. سوال اینجاست که امنیت آثار انتقال یافته را چگونه می توان تضمین کرد؟ آیا چهره و جایگاه رهبر انقلاب ،آنقدر جایگاه ندارد که با موزه سازی باید مورد توجه قرار گیرد؟ کدام یک از شخصیت های تاریخی مثلا گاندی ف جواهر نهرو، روسای جمهور آمریکا، نلسون ماندلا ، لنین ، مائو و هر رهبر مذهبی، سیاسی، ارزشی، فرهنگی و ... در جهان سراغ دارید که مقبره شان با اشیا باستانی مزین شده باشد؟