یکی از نقد‌های وارده بر دانشگاه‌های نسل اول و دوم (آموزشی و پژوهشی)، عدم مشارکت فعال آن‌ها در پروژه‌های بزرگ اجرایی با رویکرد‌های علمی-پژوهشی و در پیش گیری نوعی انفعال و عدم حساسیت است. این رفتار دلایل مختلفی می‌تواند داشته باشد و یکی از مهمترین این دلایل را می‌بایست در کم توجهی به تعریف ساختار‌های مناسب تعریف پروژه‌های تحقیقاتی و شکست کار متناسب با آن دانست.

دفتر ارتباط با جامعه و صنعت معاونت پژوهش و فناوری وزارت علوم اخیرا گزارشی از فعالیت‌ها و اقدامات خود در سال ۱۳۹۸ وزارت علوم منتشر کرده که اقدامات این دفتر درراستای بهبود ارتباط دانشگاه‌ها با صنعت را به زبان آمار بازگو می‌کند و نشان‌دهنده ایجاد تغییرات قابل‌توجه، اما ناکافی در این زمینه است.