پیشنهاد راه‌اندازی شعبه دوم موزه ملی ایران در طبقه زیرین یکی از صحن‌های مرقد امام‌خمینی (ره) و همچنین جابه‌جایی اشیای این موزه برای نمایش در محل جدید و ایجاد مخزن امن موزه‌ای در فضای ۲۵ هزار متر مربعی پیشنهاد شده در نشست سیدحسن خمینی فرزند یادگار امام راحل (ره) و علی‌اصغر مونسان وزیر میراث‌فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی با واکنش‌های بسیار مواجه شد.