به گفته معاون سازمان فناوری اطلاعات ایران، نبود زبان مشترک میان مجری‌ها، تعاملات سیستمی ضعیف، کمبود زیرساخت‌های لازم در بعضی از سازمان‌های همکار و عدم تأمین و تخصیص به موقع بودجه، منابع و زیرساخت از اصلی‌ترین چالش‌های موجود در طرح کنترل و نظارت بر ۲۳ پروژه اولویت‌دار دولت الکترونیک است.