رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام از وزارت علوم به روحانی شکایت کرد و خواستار بررسی اظهارات معاونان این وزارتخانه درباره رشته‌های دانشگاه آزاد و تأثیر آن بر کاهش تعداد داوطلبان دکترای این دانشگاه شد، وزارت علوم هم کوتاه نیامد و بر تخلفات این دانشگاه در راه‌اندازی و پذیرش دانشجو در رشته‌های بدون مجوز تأکید کرد.