طی حکمی از سوی حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر حمید شهریاری؛ دبیرکل مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلام و رئیس هیأت امنای دانشگاه مذاهب اسلامی، با موافقت اعضای هیأت امنا و به اتفاق آراء، «دکتر سید محمد حسینی» به سمت رئیس جدید دانشگاه مذاهب اسلامی منصوب شد.