میرباقری نزدیک به ۱۴‌سال در دوره‌های مختلفی معاون سیمای رسانه ملی بوده است؛ یعنی اگر قرار باشد روزی عملکرد سازمان را به‌صورت مفصل و تخصصی بررسی و آسیب‌شناسی کنند، قطعا یکی از نام‌های پرتکرار، مرتضی میرباقری است.