بعد از سخنرانی هانری کربن در حدود سال ۱۳۵۵ و به کاربردن واژه مکتب فلسفی اصفهان، کسانی، چون ایزوتسور، همایی، سیدحسین نصر و جلال آشتیانی و ... دنبال عنوان و تیتر برای محتوا‌های مشترک خود بودند لذا از این واژه استفاده کردند. پیشینه مکتب فلسفی اصفهان به سده‌های چهارم و پنجم هجری بازگشت دارد، ولی استفاده از تعبیر فلسفه اصفهان در قرن دهم و یازدهم در دروه صفویه رواج داشته است. وجوه برجسته مکتب فلسفه در اصفهان پاسخ به تعارضات اجتماعی فرهنگی دوره صفویه بود و کسی مانند ابن‌رشد نتوانست دین و فلسفه و فقه و حکمت را در وجود خودش یکی کند، ولی در مکتب اصفهان این واقعیت رخ داد و فلسفه رویکرد جامعی پیدا کرد که با روایات، عرفان و فقه همراه شد. وقتی واژه مکتب اصفهان به کار می‌رود در دل آن حدود ۵ یا ۶ مدرسه فکری وجود دارد که از جمله مدرسه ایمانیه شیخ بهایی است؛ او به معنای فنی کلمه حتی یک رساله در فلسفه ندارد، ولی معنویت، حکمت و عرفان در تمامی آثار او موج می‌زند. شیخ بهایی حکمت و عرفان و فقه و حدیث را در وجود خودش یکی کرد و از ویژگی‌های مکتب اصفهان که او را از دیگران جدا می‌کند همین مسئله است.

رئیس دفتر تبلیغات اسلامی با تأکید بر وجود دقت‌های بسیار عمیق در فلسفه اسلامی، گفت: تأثیرگذاری فلسفه و یا نظام فکریِ فلسفی در جامعه احتیاج به حلقه‌های واسط دارد.

منوچهر صدوقی‌سها معتقد است یکی از آسیب‌هایی که اکنون در این ایام به فلسفه ما وارد شده، منحصر کردن آن به حکمت متعالیه است، البته هستند کسانی که در باب مکاتب دیگر هم بحث می‌کنند، ولی امروز سنت غالب، حکمت متعالیه است.

برخی مدعی‌اند که حکمت متعالیه و تفکر صدرا دیالکتیکی نیست. حتی از این، نتیجه سیاسی هم می‌گیرند و می‌گویند حکمت متعالیه ، چون دیالکتیکی نیست، علت و معلولی است و از بالا به پایین است، ترجمان آن در ساحت سیاست، نوعی یکجانبه‌گرایی و اقتدار آمرانه از بالا به پایین است.