کارخانه سیمان علاوه بر آلودگی هوا، مشکلات زیست محیطی دیگری مانند تخریب رویشگاه‌های جنگلی و دست اندازی به چشم انداز‌های محیطی و آلودگی بصری در نیلکوه را به دنبال دارد که در این خصوص نیازمند طرح ریزی تمهیدات از جمله احیا گونه‌های گیاهی در معادن برداشت شده هستیم.