ایران از ابتدای بحران قره باغ ضمن اعلام بی طرفی در درگیری‌ها، خاک قره باغ را جزئی از آذربایجان دانست لکن نسبت به انتقال گروه‌های شبه نظامی تکفیری توسط ترکیه به مرزهایش شدیدا حساسیت داشت. البته ظاهرا الهام علی اف وعده خروج نیرو‌های تکفیری پس از پایان جنگ را به ایران داده و به همین دلیل مسئولان جمهوری اسلامی فعلا گزینه صبر را انتخاب کرده و منتظر اجرای وعده طرف آذری هستند