روز ۲۷ آذر ماه ۱۳۵۸ آیت‌الله دکتر مفتح در مقابل دانشکده الهیات دانشگاه تهران توسط گروه فرقان ترور شد. کمال یاسینی ضارب شهید مفتح پس از دستگیری اعضای گروه فرقان در دی ماه همان سال جزئیات این ترور را شرح داد.

این بار به زور – واقعا به زور – وارد خانه دکتر مفتح شدیم، چراکه دکتر کسی نبود که محافظ بخواهد. دکتر خندید و گفت: «من احتیاج به پاسدار ندارم.»، اما ما با اصرار او را قانع کردیم. از آن پس حفاظت ا دکتر به عهده کمیته ما افتاد و ما با تقسیم کار حدودا ۶-۷ نفری می‌شدیم که محافظت از ایشان را به عهده داشتیم.