پژوهشگاه به‌لحاظ تعریف سازمانی یک مرکز پژوهشی است و نه نهاد آموزشی. امر آموزش در مرکز پژوهشی جایگاه بالاصاله ندارد و تعریف مشخصی از مواد آموزشی آن نمی‌توان ارائه کرد. آموزش در مراکز پژوهشی موردی است و حسب نیاز‌های پژوهشی یا نیاز به کارشناس پژوهشی تعریف می‌شود و لذا دامنه آن زمان‌مند و موقت است و برنامه‌ای مشخص و پیوسته نیست. اساسا آموزش در مرکز پژوهشی، به‌مثابه‌پروژه پژوهشی تلقی می‌شود. این امر در دانشگاه‌ها که یک نهاد آموزشی است، برعکس است؛ یعنی پژوهش در دانشگاه فرع بر امر آموزش است. بیش از یک‌دهه است که امر آموزش به‌عنوان برنامه ثابت و مستقل از نیاز‌های پژوهشی در پژوهشگاه نهادینه شده است. به‌طوری که اکنون مشخص نیست که آیا این مرکز ماهیت پژوهشی یا آموزشی دارد. از این رو پژوهشگاه از مشکله پنهان بحران هویت سازمانی رنج می‌برد.