نظام «مدرسه» به عنوان مهمترین کانون علم رسمی در ایران، چنان تحولی پیدا کرده بود که در آغاز دوران جدید نمی‌توانست خاستگاه دانشگاه ایران باشد. موضوع مدرسه به طور عمده علم دین ماند، در حالی که دانشگاه نهادی ملّی است و موضوع آن علم یک ملّت است، به این اعتبار دانشگاه را نمی‌توان اسلامی کرد، دیانت -یا ادیان و مذاهب -هر کشور امری «ملّی» و در درون «ملّت» و یکی از شئون فرهنگی آن است.