بی‌توجهی جدی نهاد‌های دانشگاهی به این پژوهش‌ها؛ نگاه صلب و اعتقادی به این مقولات از جانب نهاد‌های شبه علمی سنتی و فقدان برنامه‌های جامع و تعریف شده از سوی نهاد‌های فرهنگی و علمی؛ فقدان جسارت پاره زیادی از پژوهشگران این حوزه و کم سوادی تعداد زیادی دیگر که از دانشگاه و مطالعات آکادمیک بهره چندانی ندارند و یا اساسا بدون بهره هستند از دیگر چالش‌های مطالعات اجتماعی تشیع است.

احمد بهشتی‌مهر گفت: مطالعات غرب از نــوع مــطــالـعـات جـامـعـه‌شـنـاسـانـه و مردم‌شناسانه با تمرکز بر جمعیت شیعی است؛ در حالی که در فضاهای اسلامی ما مـطـالعه بر اندیشه ها بوده است.