دستگاه قضایی کشور حتی به گواه مدیران و افرادی که در گذشته در این مجموعه بوده‌اند و یا حتی هنوز در آن مشغول به کار هستند با انواع مختلفی از مشکلات و آسیب‌های درونی مواجه و دست به گریبان است. مسائلی که در برخی حوزه‌های ساختاری و رویکردی با وضعیت انباشت بیش از حد مواجه شده.