محمدعلی زلفی‌گل وزیر علوم، تحقیقات و فناوری مدعی شده است که در تلاش هستیم معاونت فناوری را به صورت مستقل ایجاد کنیم تا بتوانیم در راستای تولید ثروت از دانش جدی‌تر عمل کنیم. به اعتقاد برخی از آگاهان، تشکیل این معاونت می تواند دامن زننده به اختلافات قدیمی بین معاونت علمی ریاست جمهوری با وزارت عتف باشد.