آیت‌الله خویی تدریس را از زمان تحصیل آغاز کرد و پس از درگذشت استادانش نایینی و غروی، مجلس درس او مورد توجه طلاب و فضلای حوزه نجف قرار گرفت و به تدریج به مهم‌ترین جلسه درس حوزه نجف بدل شد. سابقه طولانی تحصیل و تحقیق و تدریس، خویی را به مقامی رساند که می‌توان از او به عنوان مرجع تراز حوزه علمیه یاد کرد.