روزنامه جمهوری اسلامی در سرمقاله خود نوشت: متأسفانه حوزه‌های علمیه به توصیه اکید امام خمینی مبنی بر پرهیز از دریافت بودجه دولتی عمل نکردند و همین وابستگی به بودجه دولتی علاوه بر ضربه وارد کردن به استقلال حوزه‌ها و روحانیت، میان آن‌ها و مردم نیز فاصله انداخته است. نباید اجازه داده شود این فاصله زیادتر شود و باید با قطع کردن بودجه دولتی حوزه‌ها زمینه برای از بین رفتن فاصله ایجادشده فراهم گردد. نباید عده‌ای تصور کنند پیشنهاد قطع شدن بودجه دولتی حوزه‌ها نوعی مخالفت با روحانیت و حوزه‌های علمیه است. واقعیت کاملاً عکس این تصور است. وابستگی حوزه‌ها به بودجه دولتی علاوه بر خطرهائی که اشاره کردیم، زیان‌های زیاد دیگری نیز دارد که بر اهل فن پوشیده نیست.