در حالی که جهاد دانشگاهی بعنوان یک نهاد عمومی و حوزه‌های کاری خود وابستگی و ارتباط بالایی با دستگاه اجرایی دارد، از طرف معاون اول بعنوان متولی شناسایی رفع تعارض منافع در دستگاه‌های دولتی تعیین شده است. مسئولیتی که مورد انتقاد طیفی از کارشناسان واقع شده است. کارشناسان معتقدند که ورود به بحث شناسایی موقعیت‌های تعارض منافع و ارایه طریق در خصوص آن، نیازمند کارگروه‌های مشارکتی با حضور کارشناسان مستقل بیرون حاکمیتی، سازمان‌های مردم نهاد تخصصی، داتنشگاه‌ها و پژوهشکده‌های دارای ماموریت حاکمیتی و مواردی همانند است. چرا آقای مخبر، این وظیفه را بر عهده شورای انجمن‌های علمی کشور ننهاده است؟