شورای انقلاب فرهنگی ۴۰ نفره، ۱۲ تن از اعضای حقوقی قبلی خود از ترکیب دائمی شورا حذف نمود و از این پس براساس اقتضائات و دستورات شورا در جلسات حضور خواهند داشت. از جمله نهاد‌های حذف شده می‌توان به روسای جهاد دانشگاهی، دانشگاه آزاد اسلامی، سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی و نهاد نمایندگی رهبری در دانشگاه‌ها اشاره نمود. احتمالا کارکرد گرایی و ماموریت یابی‌های تمدنی شورا، بستر را برای چنین حذفیاتی فراهم نموده است.