علی مطهری پیرو فرمایشات و جهت دهی‌های هشتگانه مقام معظم رهبری برای قوه قضائیه در توئیتی روی یکی از این محور‌ها متمرکز شده و در عباراتی گلایه آمیز بیان داشته است که بعد از حوادث سال ۱۳۸۸ در میان دستور مجلس هشتم گفتم که استقلال دستگاه قضایی ضرورت داشته و نباید تحت تاثیر ضابط باشد. در همان دوران با شکایت رئیس وقت قوه قضائیه به اتهام تضعیف قوه و توهین به قضات مواجه شدم (دوره صادق لاریجانی).