امام باقر(ع) از فرصتى که بر اثر رویارویى بنى‌عباس با بنى‌امیه پیش آمده بود استفاده کردند و به تشکیل حوزه علمیه و تربیت شاگرد پرداختند تا جایی که کارى عمیق و فرهنگى را پایه‌گذارى کردند که بعدها فرزندشان امام صادق(ع) با حدود چهار هزار شاگرد آن را توسعه دادند. امام باقر(ع) شاگردان برجسته‌اى مانند: محمد بن مسلم، زراره، ابوبصیر، جابر بن یزید جعفى، ابان بن تغلب‌ حمران بن اعین، سدیر صیرفى‌ ابوصباح کنانى، عبدالله بن ابى یعفور و دیگران را تربیت کردند که هر کدام فقیهى بزرگ، محدثى سترگ و عارفى دل‌آگاه و مرجعى ربانى شدند و نقش به‌سزایى در گسترش اسلام ناب و فرهنگ تشیع داشتند.