به گفته بسیاری از شهروندان و مسئولان شهرستان سرخس بیمارستان لقمان حکیم این شهر، دارای مشکلاتی است که از ابتدای بهره‌برداری از آن وجود داشته که نه تنها برطرف نشده بلکه آینده نگری هم در ساخت آن پیش بینی نشده است. به تازگی نیز بیماران و همراهان آن‌ها از مشکلات سرمایشی، فاضلاب و نحوه امحای زباله‌های بیمارستانی و دفع فاضلاب این مرکز درمانی گله مندند.