سازمان مجاهدین خلق در سال ۶۱ و در واکنش به ضرباتی که از اطلاعات سپاه دریافت کرده بود، اقدام به طراحی "عملیات مهندسی" برای شناسایی شبکه اطلاعاتی ایران کرد، اما در اولین گام با شکست سنگینی روبرو شد.

پس از سال 1361 و ضرباتی که به گروهک تروریستی منافقین از ناحیه نیروهای انقلابی وارد آمد؛ اعضای این گروهک با دستوری که از ناحیه حلقه‌های ابتدایی واصل شده بود ماموریت ترور شهروندان عادی را که مورد سوء ظن قرار می‌گیرند، پیدا کردند؛ منافقین اینگونه ترورهای خود را "عملیات مهندسی" نامیدند.