پرونده تحقیق‌وتفحص مجلس نهم از بنیاد شهید، همچنان به‌عنوان یکی از نقاط مبهم کارنامه مجلس نهم در بایگانی است. امیر خجسته به‌عنوان رئیس کمیته تحقیق‌وتفحص، بارها از طریق رسانه‌ها و حتی از پشت تریبون نطق مجلس، از اعمال فشار و سنگ‌اندازی برای قرائت‌نشدن این پرونده گلایه کرد.