ماجراي اعلام آمار قاچاق كه پاي سازمان بنادر را پيش كشيده بود، انتقادات اين سازمان را به دنبال داشت. آن‌گونه كه معاون وزیر راه‌و‌شهرسازی در نخستين سمینار تخصصی سوخت‌رسانی دریایی در خلیج فارس گفته بود انتشار اطلاعات نادرست از قاچاق، عملکرد و حیثیت سازمان بنادر را زیر سؤال برده است.