انتشار دفترچه راهنمای انتخاب رشته آزمون کارشناسی ارشد سال 96 کشورخبر از حذف حدود 2900 کدرشته از رشته‌محل‌ه ای این دانشگاه توسط وزارت علوم تحقیقات و فناوری می داد. بعد از این اتفاق کشمکش بزرگی میان وزارت علوم و مسئولین جدید دانشگاه آزاد خصوصا دکتر ولایتی درگرفت و کار به سطح رسانه‌ها نیز کشیده شد.