یکی از نکات برجسته و مهم درخصوص رای نمایندگان به این لایحه و به تعبیری عدم کارشناسی دقیق درخصوص این موضوع، ماهیت واگذاری مناطق آزاد کشور از حیث شرح وظایف و قوانین حاکم بر آن در تضاد با رویکرد وزارت اقتصاد در حوزه مالیاتی و گمرکات است که این موارد باعث ایجاد نگرانی شدید در سرمایه‌گذاران و فعالان اقتصادی مناطق آزاد کشور درخصوص آینده تصمیمات بر عملکرد مناطق آزاد شده است.