موضوع «خانه‌مسافر» از زمان شکل‌گیری‌اش یعنی سال ۹۳ و در دوره ریاست مسعود سلطانی‌فر در سازمان میراث‌فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری با اعتراض‌های فراوانی از سوی هتلداران و صنعت هلتداری مواجه شد؛ چراکه آنها معتقد بودند یک فرآیند اشتباه به‌صورت قانونی درآمده است. رئیس وقت سازمان اما در جواب این انتقادها گفته بود کسانی‌که مشتریان این خانه‌ها هستند، مخاطب هتل‌ها نیستند و این افراد با هم تفاوت دارند.