دستگیری و انتقال هویدا [نخست‌وزیر دوران پهلوی] مردمی بود و امام دستور داد هر چه می‌خواهد برای او فراهم کنند. ابتدا در یک اتاق مستقل و اختصاصی در طبقه دوم مدرسه رفاه نگهداری می‌شد اما چند روز بعد به زندان قصر منتقلش کردند و بعد هم [با حکم صادق خلخالی] اعدام شد. البته دولت موقت [به ریاست مهندس بازرگان] تلاش کرد هویدا اعدام نشود و دستور آن را هم از امام گرفته بودند اما قبل از این که پیام امام را برسانند او را اعدام کردند.