مشکلات رشته‌های علوم پایه در رشته ریاضی بغرنج‌تر است و با وجود اهمیت این رشته، متقاضیان رشته ریاضی سال به سال در حال کاهش هستند و بیشتر متقاضیان کنکور به دنبال پذیرش در رشته‌های پردرآمد هستند. از نمود‌های بیرونی این معضل، کاهش دانش‌آموزان متقاضی رشته ریاضی مقطع متوسطه است. این مشکل به قدری شدت یافته که به گفته معاون آموزش متوسطه وزارت آموزش و پرورش، رشته ریاضی در برخی دبیرستان‌ها به علت عدم تقاضا تعطیل شده است! این مقام مسئول در آخرین آمار دانش‌آموزان متقاضی رشته ریاضی در دبیرستان‌ها گفته است که در حال حاضر ۱۴.۸۷ درصد از دانش‌آموزان در رشته ریاضی تحصیل می‌کنند.

رییس سازمان سنجش آموزش کشور با بیان اینکه با فاجعه خالی ماندن ظرفیت رشته‌های علوم پایه مواجه‌ایم،‌ گفت: متاسفانه ما در عرصه گرایش به سمت رشته‌های علوم تجربی با یک فاجعه در کشور مواجه هستیم و ظرفیت بسیاری از رشته‌های علوم پایه خالی مانده است.