آیت الله مکارم شیرازی مراقبت نسبت به نفوذ، بویژه در شهر مقدس قم را موضوع مهمی دانست و بیان کرد: خطر نفوذ در قم به ویژه با توجه به مرکزیت حوزه‌های علمیه، بیش از دیگر شهرهاست؛ دولت‌های خارجی برای نفوذ در دستگاه علما و دانشمندان و مراجع نقشه‌های مهمی دارند؛ در این خصوص واقعا باید هوشیار بود و در این زمینه وزارت اطلاعات باید به خوبی نقش آفرینی کند.

آیت الله مکارم شیرازی از مراجع معظم تقلید در غم از دست دادن برادر خود سوگوار شد.