خلیل درباره نواندیشان و تجددخواهانی همچون سیدجمال الدین اسدآبادی، محمد عبده، حسن العطار و رفاعه طهطاوی معتقد بود که گرچه تلاش‌های این افراد ستودنی است، اما رویکردشان به متون مقدس چندان تفاوتی با سلفی‌های سنتی ندارد. تجددخواهی آنان سطحی، کم مایه و بدون مراجعه انتقادی به متون مقدس بود و برای اثبات مدعای خودشان یا گزینشی عمل می‌کردند و یا متن مقدس را با زحمت به نفع خود تأویل می‌نمودند در حالی که تأویل و تفسیرشان منطبق بر دانش زبانی دقیقی نبود. مانند تفسیر محمد عبده از جن و ملائک که با دانش زبانی همخوانی نداشت. خلیل، اما رویکرد خودش را مبتنی بر مراجعه انتقادی به نص مقدس و شکستن هیمنه متن مقدس و سیطره شخصیت‌های شبه اسطوره‌ای بر عقل و خرد می‌داند.