چندی پیش طرحی با محوریت ابطال معافیت‌های مالیاتی این مناطق در کمسیون تلفیق و بودجه‌ی ۱۴۰۰ مطرح شد که به تصویب مجلس رسید. براساس این مصوبه، مناطق آزاد تجاری-صنعتی مشمول پرداخت مالیات ارزش افزوده شدند. این موضوع باعث نگرانی شرکت‌ها و فعالان اقتصادی در مناطق آزاد شده و این تصمیمی است که می‌تواند باعث کاهش سرمایه گذاری و خروج سرمایه گذاران شود.