به‌دلیل شخصیت ویژه شمخانی و نقش و تاثیرگذاری محوری او در تحولات و رخدادهای چهل و چند ساله پس از پیروزی انقلاب و همچنین اهمیت جایگاه دبیری شورای عالی امنیت ملی، کناره‌گیری او از این مسئولیت در محافل و رسانه‌های داخلی و خارجی منشاء توجه و تحلیل‌های بسیار گسترده‌ای شد.در این میان؛ گزینش شمخانی به عنوان مشاور سیاسی از سوی رهبر معظم انقلاب که از ابعاد مختلف کم‌سابقه نیز هست، ضریب اظهارنظرهای داخلی و خارجی پیرامون دلایل کناره‌گیری و آینده سیاسی شمخانی را به‌شدت افزایش داد.

برخی براین نظرند که یکی از دلایل تغییر شمخانی خواسته ابراهیم رئیسی برای این جابه‌جایی بوده است. همچنان‌که منصور حقیقت‌پور، فعال سیاسی اصولگرا روز گذشته در گفت‌وگویی با انتخاب گفت: آقای رئیسی از سال ۱۴۰۰ دنبال این بود که آقای شمخانی را عوض کند. این دو سال هم تحمل کرد و شاید آدم مناسب پیدا نکرده بود که زودتر این کار را انجام دهد.

شایعاتی که در خصوص استعفای دریابان علی شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی در شبکه‌های اجتماعی منتشر شده، کاملا کذب و بی اساس است.