۲۷ آذر ۱۳۵۸، مفتح توسط گروه فرقان به شهادت رسید و این روز بنام وحدت حوزه و دانشگاه نامگذاری شد. اما قبل از شهادت مفتح، زمزمه‌های زیادی از وجود اختلاف بین مفتح و بهشتی مطرح شده بود. در جریان انتخابات مجلس خبرگان قانون اساسی، از تهران ۱۵ نفر حق انتخاب شدن داشتند و در جلسات جامعه روحانیت مبارز و گروه‌های خط امام، بنا شد که شهید مفتح از تهران به عنوان نامزد معرفی شوند، اما در جلسات بعد به این نتیجه رسیدند افرادی که معروف‌تر هستند و در کسب آرا، موفق‌تر خواهند بود، از تهران معرفی و سایرین از بقیه استان‌ها نامزد شوند. از جمله قرار شد شهید مفتح از استان همدان نامزد شوند. درست از لحظه‌ای که این تصمیم گرفته شد، تلفن‌ها و رفت و آمد‌های افرادی خاص شروع شد و به آقای مفتح القا کردند که، «آقا! دیدید شما را کنار زدند. شما باید از تهران نامزد می‌شدید، نه از همدان. دیدید آقای بهشتی شما را کنار زد؟» و .... محمد پیشگاهی فرد که خواهرزاده همسر شهید بهشتی است و بعد‌ها داماد شهید مفتح شد و از نزدیک با ایشان مراوده و حشر و نشر داشت، در گفت و گویی که با نشریه شاهد یاران، شماره چهارده انجام داده، درباره اصل و ریشه این اختلافات و واقعی و غیر واقعی بودن آنها، صحبت می‌کند.

روز ۲۷ آذر ماه ۱۳۵۸ آیت‌الله دکتر مفتح در مقابل دانشکده الهیات دانشگاه تهران توسط گروه فرقان ترور شد. کمال یاسینی ضارب شهید مفتح پس از دستگیری اعضای گروه فرقان در دی ماه همان سال جزئیات این ترور را شرح داد.

محمد مهدی مفتح، سخنگوی کمیسیون برنامه و بودجه و محاسبات مجلس شورای اسلامی با حضور در برنامه این هفته دستخط به بیان مطالب و دیدگاه‌های خود درباره مسائل گوناگون از جمله زندگی شخصی و کاری خود پرداخت.

این بار به زور – واقعا به زور – وارد خانه دکتر مفتح شدیم، چراکه دکتر کسی نبود که محافظ بخواهد. دکتر خندید و گفت: «من احتیاج به پاسدار ندارم.»، اما ما با اصرار او را قانع کردیم. از آن پس حفاظت ا دکتر به عهده کمیته ما افتاد و ما با تقسیم کار حدودا ۶-۷ نفری می‌شدیم که محافظت از ایشان را به عهده داشتیم.

شریف لک‌زایی گفت: دکتر فیرحی با درک این وضعیت آشفته و البته شدیداً بحرانی در اندیشه بازخوانی سنت تحزب از منظر فقه سیاسی بود که بتواند همانند نائینی خاستگاهی بومی برای تحزب دست و پا نماید و این سنت وارده را با سنت‌های جامعه ما سازگار نماید.

مسأله «وحدت حوزه و دانشگاه» با بهره‌گیری از نظریات امام خمینی(ره) و تلاش‌های شهید مفتح از سال 1359 و متعاقب «انقلاب فرهنگی» و تحت‌تأثیر آن در جامعه انقلابی مطرح شد. گویا هدف اصلی این وحدت در افقی مبهم و در پرتو طرحی کلی «گسترش و نزدیک کردن تعاملات علمی دانشگاهی و معارف اسلامی» بود. بدین ترتیب زمینه وحدت و همکاری دو نهاد حوزه و دانشگاه فراهم شد. برای ابهام‌زدایی از این وحدت با حجت‌الاسلام دکتر داوود فیرحی عضو هیأت علمی دانشگاه تهران به گفت‌وگو نشستیم.

رئیس شورای شهر تهران، ری و تجریش با اشاره به آلودگی هوای شهر تهران گفت: به جای مردان سیاست بنشانید درخت تا هوا تازه شود.

علی دانش منفرد دبیر اجرایی کمیته استقبال از امام می‌گوید: شهید مطهری، شهید مفتح و آیت الله خامنه‌ای بودند که می‌گفتند برای ورود چه کسی به مدرسه رفاه کارت صادر کنیم این طور نبود که هر کسی وارد شود.

۱۷ شهریور ۱۳۵۷ در تاریخ تحولات سیاسی ایران معاصر، آغاز پایان کار رژیم شاهنشاهی ایران در نظر گرفته می‌شود.