با وجود انکه تخصیص خوبی برای طرح دارویار در نظر گرفته شده است، اما هزینه کرد این بودجه با ابهاماتی چند همراه است و اعتراضات زیادی را توسط متخصصان باعث شده است. در اخرین این موارد ، شهرام کلانتری خاندانی رئیس انجمن داروسازان ایران از دولت درخواست نموده تا گزارش هزینه‌کرد اعتبار ۶۹ همتی طرح دارویار را منتشر کند. سازمان بازرسی کل کشور هم باز گویا در بی تفاوتی بسر می برد. البته در این مورد خاص، ممکن است مسائل حاشیه ای وجود داشته باشد که خود آقای خدائیان بهتر از ما می دانند. درست است جناب رئیس کل سازمان بازرسی یا اینکه ما زیادی فیلم نگاه می کنیم؟

بهرام عین‌اللهی وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی درباره انتقادات داروخانه‌ها مبنی بر اینکه به دلیل اجرای طرح دارویار ضرر کرده‌اند، گفت: ریشه این مشکل خارج از مجموعه وزارت بهداشت است و باید منابع حاصل از اختلاف ارز ترجیحی و نیمایی به بیمه‌ها و از آن طریق به داروخانه‌ها داده شود. اگر این اقدام انجام شود، فشاری به داروخانه‌ها تحمیل نمی‌شود. ما تلاش می‌کنیم که این مساله حل شود اما ریشه این مشکل خارج از مجموعه وزارت بهداشت است . عین‌اللهی پیشتر هم گفته بود که اگر طرح دارویار شکست بخورد، من مقصر نیستم. در قانون بودجه ۱۴۰۲ فقط حدود ۶۹ هزار میلیارد تومان برای اجرای طرح دارویار در نظر گرفته شده این در حالیست که به گفته کارشناسان بودجه موردنیاز برای اجرای دارویار دستکم دو برابر این رقم است .