موزه هنر‌های معاصر کماکان برای مردم در حوزه امانت‌داری اموال ملی غیر شفاف است. هرچند این مشکل، مشکل بخش زیادی از موزه های کشور است و نظام موزه داری کشور در بحث مولاژ و جایگزینی آثار اصلی و کپی دچار مشکل بوده، اما در موزه هنرهای معاصر،گویا شدت آسیب به حد بیشتری خود را نشان می دهد.