براساس شنیده‌ها نیکبخت در دولت حسن روحانی از معاونت برنامه‌ریزی کنار رفت و بار دیگر به عنوان رئیس سازمان سیستان و بلوچستان فعالیت کرد. در اوایل دولت سیدابراهیم رئیسی و با حکم ساداتی‌نژاد به عنوان ریاست هیات‌مدیره و مدیرعامل سازمان مرکزی تعاون روستایی ایران منصوب شد.