حجت الاسلام احمد واعظی میگوید بخش قابل توجهی از مخالفان علوم انسانی اسلامی، این ایده را مقابله انقلاب اسلامی با استکبار می پندارند و نتیجه می‌گیرند که بانیان آن درصدد منازعه سیاسی با غرب هستند از طرف دیگر هم مدافعان ایده علوم انسانی اسلامی هم به تنور سیاسی شدن بحث می‌دمند یعنی کسانی دفاع کرده و عَلَم آن را به دست می‌گیرند که کاملا سیاسی هستند و یا نهاد و جنس کارشان با این قصه سنخیتی ندارد مثل اینکه یک نهاد امنیتی بخواهد پرچم علوم انسانی اسلامی را بلند کند.

علم از مقوله هستی و دین از مقوله بایستی است. هستی و بایستی دو مقوله متفاوت هستند. تکنولوژی در حال حاضر به چنان شتابی رسیده است که نمی‌شود جلوی این شتاب را گرفت اما دانش الهیات به‌رغم سابقه چندین قرنه، هنوز اندر خم یک کوچه است و هنوز سوال‌هایی که پیش از میلاد مسیح در یونان باستان برای سقراط و افلاطون و ارسطو مطرح بوده، حل نشده است. مسائلی مانند جبر و اختیار، اراده بشر، رابطه مغز و ذهن و ...