مراسم افتتاحیه ششمین دوره مجلس خبرگان با قرائت پیام رهبری انقلاب اسلامی آغاز و پس از تعیین هیئت رئیسه سنی که شامل رئیس، نایب رئیس و ۲ منشی است، هیئت رئیسه دائم با انتخاب اعضا شکل می‌گیرد. در جریان برگزاری این مراسم، رؤسا و اعضای شش کمیسیون این مجلس (سیاسی - اجتماعی، امور مالی و اداری، اصل ۱۰۸ قانون اساسی، اصل ۱۰۷ و ۱۰۹ قانون اساسی، تحقیق موضوع اصل ۱۱۱ قانون اساسی و بررسی راه‌های پاسداری و حراست از ولایت فقیه) نیز مشخص خواهند شد. در این مراسم هیأت رئیسه سنی ششمین دوره مجلس خبرگان رهبری به شرح زیر مشخص شد: رئیس: آیت‌الله موحدی کرمانی (تهران) / نایب رئیس: آیت‌الله وافی (یزد) / منشی: حجت‌الاسلام والمسلمین فلاح (البرز) و منشی: حجت‌الاسلام والمسلمین بیاتی (آذربایجان غربی). برخی از تحلیل گران معتقدند که، این مراسم را دارای حاشیه‌هایی نیز بوده است که در ادامه به برخی از ان‌ها اشاره می‌شود.

رهبر انقلاب معظم انقلاب اسلامی در پیامی به ششمین دوره مجلس خبرگان رهبری ، مجلس خبرگان را مظهر مردم سالاری اسلامی خواندند و با اشاره به تدبیر هوشمندانه معرفت قرآنی و اسلامی در هم‌جهت ساختن «شریعت و عقلانیت» و «غیب و شهود»، از وجدان‌های بیدار سراسر جهان دعوت کردند ضمن توجه به واقعیت‌های تلخ نظامات دین ستیز یا دین گریز، در طرح جامع و استوار و گره‌گشا و همچنین جذاب و شگفت‌آور حکمرانی اسلامی تأمل کنند.

آیت‌الله خاتمی گفت: ششمین دوره مجلس خبرگان رهبری با هماهنگی شورای محترم نگهبان در خردادماه سال ۱۴۰۳ با پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی افتتاح خواهد شد.