ادعا می شود که وزارت کشور یکی از وزارتخانه‌هایی است که در دولت‌های گذشته با پدیده « ساختارهای موازی » مواجه بوده وگفته می‌شود حدود ۳۰۰ نفر غیر از کارمندان رسمی این وزارتخانه در قالب «قرارگاه‌ها و کمیته‌های مختلف» مانند قرارگاه عفاف و حجاب و…فعالیت‌هایی را انجام می‌دهند که خارج از ساختار رسمی وزارتخانه و بدون مسئولیت مشخص تعریف شده است.این افراد با داشتن بودجه و اختیارات گسترده، در واقع ساختاری موازی را در درون وزارتخانه ایجاد کرده‌اند که می‌تواند تصمیم‌گیری‌ها و اجرای امور را با مشکل مواجه کند.