ادعا می شود که وزارت کشور یکی از وزارتخانه‌هایی است که در دولت‌های گذشته با پدیده «ساختارهای موازی» مواجه بوده وگفته می‌شود حدود ۳۰۰ نفر غیر از کارمندان رسمی این وزارتخانه در قالب «قرارگاه‌ها و کمیته‌های مختلف» مانند قرارگاه عفاف و حجاب و…فعالیت‌هایی را انجام می‌دهند که خارج از ساختار رسمی وزارتخانه و بدون مسئولیت مشخص تعریف شده است.این افراد با داشتن بودجه و اختیارات گسترده، در واقع ساختاری موازی را در درون وزارتخانه ایجاد کرده‌اند که می‌تواند تصمیم‌گیری‌ها و اجرای امور را با مشکل مواجه کند.